学术不端查重主要是指检测学术论文中是否存在抄袭、剽窃等行为，通常由专业的查重软件进行检测。而学校的查重则是学校针对学生提交的作业、论文等进行查重，以确保学术诚信。两者的目的和对象不同，但都是为了维护学术规范。

此外，学术不端查重更注重学术界的规范和道德标准，而学校的查重更侧重于学生的学术诚信和作品原创性。在实际操作中，学术不端查重通常由学术期刊、出版社等机构进行，而学校的查重则由学校教师或相关部门负责。因此，两者虽然都是查重行为，但具有不同的侧重点和操作主体。